Την δολοφόνησαν οι σκυλάνθρωποι του ΚΚΕ την νύχτα 21-22 Δεκέμβρη 1944.
........Το φινάλε γράφεται τη νύχτα της 21ης προς 22 Δεκεμβρίου 1944. Ο πολιτοφύλακας της ΟΠΛΑ με το ψευδώνυμο καπετάν Ορέστης την καταδικάζει σε θάνατο με τσεκούρι και την παραδίδει στον σκληροτράχηλο Βλάση Μακαρώνα. «Τη διέταξαν να γδυθεί, ενώ εκείνη είχε αντιληφθεί ότι πλησιάζει το τέλος της και είχε τρομάξει πολύ. Έτρεμε από το κρύο και τον φόβο και κλαίγοντας τους παρακαλούσε. Έβγαλε τη γούνα της την οποία παρέλαβε ο Ορέστης και, όταν τη διέταξε να βγάλει και τα υπόλοιπά της ρούχα, αναλύθηκε σε δυνατές κραυγές απελπισίας και σε γόους. Όρμησαν τότε σαν αφιονισμένοι πάνω της και μέσα σε έναν καταιγισμό από προπηλακισμούς την έσυραν κοντά σε ανοιγμένο λάκκο και εκεί την έγδυσαν με τη βία. Ο Βλάσης Μακαρώνας ξαφνικά δείλιασε, τον πείραξαν και οι κραυγές της και τελικά καθίζοντάς την χάμω τράβηξε το περίστροφό του και της φύτεψε μια-δυο σφαίρες στον αυχένα (...)» Λίγο αργότερα, στη δίκη του, ο Μακαρώνας δήλωσε ότι ο Ορέστης τον κατηγόρησε πως έκανε σαμποτάζ που δεν τη σκότωσε με το τσεκούρι αλλά με το περίστροφο.
Και πρόσθεσε: «Δεν λυπήθηκα τίποτα άλλο παρά το γούνινο παλτό της που το πήρε ο Ορέστης».
Πέρασε πάνω από μήνας, όταν στις 26 Ιανουαρίου του 1945, κατά την εκταφή των πτωμάτων στον περίβολο των Διυλιστηρίων της Ούλεν, βρέθηκε το πτώμα της Παπαδάκη σε μια κατηφόρα φυτεμένη με πεύκα, σ’ ένα λάκκο μαζί με τρεις τέσσερις άλλους. Με μια κομπινεζόν ανασηκωμένη γύρω απ’ το θώρακα, με τις ζαρτιέρες ζωσμένες στη μέση και με το σώμα της γεμάτο κακώσεις και μια σφαίρα φυτεμένη στον αυχένα. . Μόλις διαδόθηκε το νέο, μαθητές και μαθήτριες της δραματικής σχολής του Εθνικού Θεάτρου προσήλθαν και κάλυψαν το σώμα με κλαριά. . Κηδεύτηκε στις 28 Ιανουαρίου από την εκκλησία του Αγίου Γεωργίου Καρύτση σε μια ατμόσφαιρα βαθύτατου πένθους και αγανάκτησης και με πλήθος καλλιτεχνικού και πνευματικού κόσμου.
«…Χρειάζεται να φανούμε μεγάλοι, να φανούμε τέλειοι(…)για να μπορέσουμε να ονομαστούμε χωρίς τύψεις, συνάδελφοι της Ελένης Παπαδάκη(…). Χάσαμε ένα απ’ το πιο τρανά κι απ’ τα πιο σπάνια καυχήματα της ελληνικής σκηνής-χάσαμε έναν καλό φίλο κι έναν ωραίο άνθρωπο(…). Κοιμήσου ειρηνικά, αγαπημένη φίλη…Ίσαμε επάνω δεν φτάνουν μήτε η αρρώστια μιας εποχής, μήτε μιας φυλής η παραφροσύνη. Μια λέξη ακόμα: συγχώρεσέ μας…» Αλέξης Σολομός, 28.11.1945
Μνήσθητι Κύριε: Για την ώρα που η λεπίδα του φονιά άστραψε κι όλος ο Θεός της Τραγωδίας εφάνη.
Μνήσθητι Κύριε: Για την ώρα που άξαφνα κι οι εννιά αδερφές, εσκύψαν να της βάλουνε των αιώνων το στεφάνι.
Άγγελος Σικελιανός
Η ψυχή της Ελένης Παπαδάκη μπορεί να αναπαυθεί με τη συναίσθηση ότι εξετέλεσε τον προορισμό της, έστω κι αν δεν πρόφθασε να τον συμπληρώσει. Όσοι δημιουργούν και χαρίζουν ομορφιά, δεν ματαιοπονούν(…). Η Ελένη Παπαδάκη δεν πέθανε: Τότε οι νεκροί πεθαίνουνε όταν τους λησμονάνε, λέει ο ποιητής». Άλκης Θρύλλος , «Νέα Εστία», 1.10.1945